Le prime testimonianze dell’antropizzazione di questo territorio, risalgono al periodo nuragico, del quale ci sono pervenute solamente le rovine di alcuni nuraghi. Durante il Medioevo l’abitato, situato tra il corso del Flumini Mannu e il Rio Pardu, appartenne al regno di Cagliari, inserito nella Curatoria della Trexenta. Alla caduta del Giudicato, fu annesso al regno d’Arborea, nel quale rimase quarant’anni.

Fu quindi ceduto al Comune di Pisa e nel 1324 passò agli Aragonesi. Nel 1326 fu ceduto in feudo ai Pisani che lo restituirono agli Aragonesi dopo il 1363. Inserito nella Baronia di Furtei, feudo di Michele Sanjust, nel 1414, del periodo restano le rovine del castello “Rocca su Casteddu”, edificato in cima ad un colle, in prossimità dell’abitato, presumibilmente risalenti all’alto Medioevo, che sino al secolo scorso, i ruderi di una costruzione che univa il castello alla grotta detta dell’allume, all’interno della quale furono rinvenuti vari oggetti e monete d’argento e di rame risalenti forse all’epoca di Costatino.

Durante il Medioevo la villa di Craccaxia, risultava spopolata già nel 1519. Durante il 400, Segariu, come tanti altri piccoli villaggi, andò lentamente spopolandosi, sino a risultare totalmente disabitato nella seconda metà del 500. Andò ripopolandosi durante il 600 ad opera di un certo Pietro Pinna, capraro di Senorbì (Padre V. Angius) e di questo periodo rimangono due toponimi che vorrebbero identificare il nuovo nucleo abitato, La mandra e Sa Mitza de Perdu Pinna, quest’ultima identificabile nella sorgente conosciuta come Bixinau de funtana de Susu.

Nel 1678 risulta inserito nella baronia di Furtei, feudo dei Sanjust, dai quali fu riscattata in epoca Sabauda. L’importanza di Segariu è legata alla produzione di materiali per l’edilizia. Lo sfruttamento di argilla ed impasti risale a tempi preistorici e non solo a Segariu. Tra questi centri, tutti depositari della stessa cultura tecnica, Segariu ha maturato grande tradizione nella produzione del cotto applicato alla costruzione delle tegole, arte che si è protratta quasi sino ai nostri giorni.

Attualmente l’attività estrattiva collegata all’industria per la produzione di materiali per l’edilizia insieme ad agricoltura, artigianato e commercio, rappresentano il motore dell’economia locale.