Di recente costituzione sia come comune che come centro abitato, il suo territorio era compreso nel Giudicato di Arborea prima e nel Comune di Fluminimaggiore poi. Nonostante la relativa giovinezza di questo insediamento, tuttavia lungo il suo territorio non mancano testimonianze di antiche presenze.

In località Grugua sono presenti i resti di una villa romana edificata sopra un preesistente edifico punico. Il toponimo Buggerru è citato in un documento datato 29 Ottobre 1206, nel quale si definiscono i confini tra i Giudicati di Cagliari e Arborea. Abbandonato durante il 1700, altri documenti attestano l’esistenza dell’insediamento abitativo già prima del 1852. Nel 1866 aveva l’aspetto di un piccolo villaggio e disponeva persino di un piccolo ospedale.

Allora contava poco più di cinquecento abitanti e un piccolo porticciolo permetteva di imbarcare direttamente sul posto i minerali destinati a Carloforte, da dove prendevano la via del Continente o dell’estero. Agli inizi del 1900, la popolazione registrò un notevole incremento, sino a raggiungere oltre ottomila unità, delle quali circa la metà impegnate nelle attività minerarie.

Infatti il notevole sviluppo dell’intera zona è stato determinato dalla ricchezza di minerale, che sa da un lato ha contribuito ad un certo progresso economico dei residenti, dall’altro, con miniere a cielo aperto ha contribuito alla distruzione del territorio. La società Malfidano, concessionaria degli impianti estrattivi, sottoponeva gli operai ad un vero e proprio sfruttamento, non garantendo adeguati servizi alla popolazione.

Nel settembre del 1904 si verificarono i primi scioperi operai della storia(I Moti di Buggerru). In seguito alle proteste le condizioni e l’organizzazione del lavoro migliorarono e l’economia del paese continuò a basarsi esclusivamente sull’attività mineraria. Nel 1960 Buggerru divenne Comune autonomo.

Attualmente una maggiore sensibilità ambientale impegna il Comune in una vera e propria opera di bonifica del territorio, recuperando nel contempo le strutture testimoni dell’antica attività mineraria, il passato della comunità, per metterle a disposizione dei visitatori, che l’amena posizione geografica insieme alle risorse ambientali disponibili sul territorio, richiamano sempre più numerosi e fanno del fenomeno turistico, insieme ed agricoltura, allevamento, artigianato e commercio una delle attività trainanti dell’economia futura del Paese.